1989-04-26 neeiliniame suvažiavime buvo atkurta Lietuvos geografų draugija, nepriklausoma nuo TSRS, deklaravus pirmosios LGD tęstinumą. Draugijos prezidentu tapo prof. Stasys Vaitekūnas. Vėliau LGD vadovavo Algirdas Stanaitis, Ričardas Baubinas. Draugija 1999 m. surengė II– ąjį Nacionalinį Lietuvos geografų kongresą, leido (kartu su Lietuvos mokslų akademija, Geografijos, vėliau – Geologijos ir geografijos institutu) tęstinį mokslo leidinį “Geografijos metraštis”, organizavo mokslinius seminarus, pažintines mokslines išvykas, memorialinius renginius. LGD iniciatyva atlikta ir taikomųjų aplinkos tyrimų, parengta teisės aktų. Plėtotas mokslo populiarinimo bei Lietuvos prezentacijos užsienyje darbas.
